外交問題や歴代首相の参拝問題を解決するため、政界を中心に「東條英機らA級戦犯を別の場所に移して祀る（分祀する）ことはできないのか」という議論が何度も浮上してきました。
しかし、神社神道および靖国神社の公式見解において、分祀による「神様の切り離し」は不可能とされています。
- 神道の「分霊（ぶんれい）」の概念：神道における分祀とは、神社の神霊を別の場所に分けて祀ることであり、ローソクの火を別のローソクに移すような性質を持ちます。元の火（靖国の魂）が消えるわけではなく、元の本殿から特定の人物の御霊だけを「消去・除外」することは神道教義上あり得ないとされています。
- 霊璽簿（合祀者名簿）の神聖性：靖国神社では、合祀祭によって246万柱の御霊が一つの「靖国の大神」として統合されていると考えられています。「東條英機の霊だけを取り出して名簿から削る」という行為は、神道儀礼の根本を否定することになります。
- 政教分離の壁（憲法第20条）：日本国憲法下において、国家（内閣や国会）が宗教法人である靖国神社に対し「特定の祭神を分祀せよ」と命令・指導することは、明白な政教分離違反（国家権力の宗教介入）にあたります。神社側が自主的に応じない限り、法的に強制する手段は存在しません。
