湘南新宿ラインは利便性が高い反面、「遅延や運休が発生しやすい路線」としても知られています。
主な理由は、相互直通ネットワークの巨大さにあります。東海道線、横須賀線、高崎線、宇都宮線に加え、線路を一部共用する埼京線やりんかい線、相鉄線直通列車など、多岐にわたる路線と繋がっています。どこか1箇所で安全確認や踏切トラブルが起きると、広範囲に影響が波及し、ダイヤ乱れや直通運転の中止が発生します。
【トラブル時・ラッシュ時の対策】
通勤時間帯の混雑率は依然として高く、特に平日の朝上り（赤羽〜池袋、武蔵小杉〜渋谷間）は激しい混雑となります。少しでもスムーズに移動するためのポイントは以下の通りです。
・JR東日本アプリで運行状況速報をリアルタイム確認：直通中止時はすぐに上野東京ラインや埼京線、東京メトロ各線への迂回ルートを選択する。
・乗車位置の工夫：新宿駅や渋谷駅では改札に近い車両（中央寄りの車両）に人が集中するため、編成端（1号車や15号車）寄りに並ぶと混雑を多少回避できる。
