「地方の温泉駅だから、現地で駅員に聞けばどうにかなる」という昭和・平成初期の旅行感覚は、現在の由布院では通用しません。ネット上や口コミサイトに散見される代表的な誤解を解いておく必要があります。
最大の誤解は、「ゆふいんの森は自由席で立ち乗りすれば乗れる」という言説です。前述の通り、ゆふいんの森は全車指定席であり、指定券を所持していない乗客はデッキを含め乗車できません。飛び乗りは車掌により厳格に拒否されます。また、「駅前に行けばタクシーが常時待機している」という認識も危険です。由布院駅 タクシー乗り場には常時数台が待機しているものの、午後の一斉到着便と重なる時間帯や降雨時にはタクシープールが完全に払底し、20分〜40分以上の順番待ちが発生します。
さらに、久大本線が天候不良等で運行見合わせとなった場合、駅前からの脱出路として頼りになるのがバスですが、由布院駅 高速バス時刻表（駅前バスセンター発着）の便も、鉄道運休の一報と同時に満席へと切り替わります。バス会社側も臨時便を即座に仕立てるには限界があるため、「運行見合わせの兆候が出た瞬間に、バス予約サイトを開いて博多行き・空港行きの座席を確保する」迅速さが命運を分けます。
