ドジョウは雑食性で何でもよく食べますが、上層を泳ぐ魚と違って水面に浮かぶ餌を食べるのは苦手です。飼育には必ず沈下性（水に沈むタイプ）の餌を選びましょう。
市販の「ドジョウ専用フード」や「コリドラス用タブレット」が最適です。また、食欲が落ちている時やお迎え直後のトリートメントには、冷凍アカムシやイトミミズなどの生餌を与えると抜群の食いつきを見せます。ただし、ドジョウは底の餌をずっと探し続けるため、与えすぎによる水質悪化には注意が必要です。1日1〜2回、2〜3分で食べ切れる量を目安に給餌し、食べ残しはスポイト等でこまめに取り除きましょう。
