フルートの標準運指（本指）は音程の正確さと豊かな響きを最優先に設計されていますが、速いパッセージや特定の音程跳躍では指がもつれる原因になります。ここで活躍するのが「替え指（オルタナティブ・フィンガリング）」です。
代表的な例が「シ♭（B♭）」の運指です。標準運指では右手人差し指を加えますが（1・1の指）、素早い半音階やト長調・ヘ長調の楽曲では、左手親指でB♭レバー（ブリチャルディ・キー）を同時に押さえる運指、または右手サイドの「ファ♯／トリルキー」を用いる替え指を使うことで、左手親指の固定だけで驚くほど滑らかなレガートが実現します。
また、第3オクターブの高音域においては、右手トリルキー（第1トリルキー・第2トリルキー）を補助的に開ける替え指が存在します。現代の印刷可能な運指表や専門教材でも、第4オクターブの最高音域（High D、High E等）を鳴らすためのトリルキー併用パターンが標準的に掲載されています。音色の太さを取るか、音の立ち上がりとスピードを取るかによって、プロ奏者は瞬時に複数の運指を使い分けています。
