流水洗いだけでも十分に美味しく食べられますが、砂地が粗い干潟で採れたものや、砂残りがどうしても気になる場合は、加熱前または加熱後に簡単な内臓処理を行うと仕上がりが格段に良くなります。
マテ貝の体構造を見ると、先端の黒ずんだ部分（水管）と、白く弾力のある足、そして殻の内側中央部に位置する茶褐色の内臓（消化盲嚢・中腸腺）に分かれています。砂が残留しやすいのは「水管の先端のヒダ」と「内臓の周辺」です。
徹底して砂を除去したい場合の下処理手順は次の通りです。
包丁を殻の隙間に沿って滑らせて殻を開き、足の側面に縦に浅い切れ目を入れます。そこから内臓（黒・茶色っぽいワタ）を指先や包丁の先で軽く押し出すようにして取り除き、冷水でサッと洗ってペーパータオルで水気を拭き取ります。内臓自体に強い毒性があるわけではありませんが、このひと手間で雑味や砂感を完全に排除でき、貝本来の澄んだ甘みだけを味わうことが可能になります。
