下処理を行う上で絶対に知っておくべきリスクが、えのきの生食危険性です。マッシュルームのように「新鮮なら生で食べられる」と思い込むのは非常に危険です。
えのきにはフラムトキシン（Flammutoxin）と呼ばれるタンパク質性の溶血毒素が含まれています。これを生の状態で摂取すると、赤血球の細胞膜を破壊し、激しい胃腸炎、嘔吐、下痢、血尿などの重篤な中毒症状を引き起こす危険性があります。ただし、フラムトキシンは熱に極めて弱い性質（易熱性）を持つため、中心部までしっかり加熱すれば完全に無毒化されます。
えのき加熱時間の目安としては、スープや鍋などの汁物の場合は沸騰状態で1〜2分以上、炒め物であれば強火で2〜3分程度全体にしんなりするまで熱を通すことが安全管理上の絶対基準となります。電子レンジ調理（600W）の場合も、100gあたり約1分30秒〜2分の加熱を行い、蒸気が出ている状態を確認してください。
また、冷蔵庫に保存していたえのきの状態変化についても注意が必要です。
【えのきの変色・傷みの判別基準】
・全体的な薄い茶色への変色： えのき自身に含まれるポリフェノールオキシダーゼ（酸化酵素）による自然な褐変現象であり、異臭やぬめりがなければ加熱して問題なく食べられます。
・酸っぱい異臭・異様なぬめり・水分の滲出： 雑菌が繁殖して腐敗が進行している決定的なサインです。下処理の段階でこの兆候が見られた場合は、加熱しても食中毒リスクが残るため、迷わず破棄してください。
