館内での食事事情は、来館時の満足度を左右する重要な要素です。館内には展望レストラン「ル・ミュゼ」が併設されており、化石発掘をイメージした「恐竜発掘カレー」や茨城県産食材を使った定食、キッズプレートなどが提供されています。大きな窓から菅生沼の緑豊かな景観を眺めながら食事ができる点が魅力ですが、休日の12時前後は40分〜60分以上の入店待ちが発生することも珍しくありません。
待ち時間を回避し、効率的かつリフレッシュして過ごしたいファミリーにおすすめなのが「お弁当の持ち込み」です。ミュージアムパーク茨城県自然博物館は屋外の自然ゾーンが非常に充実しており、広大な芝生広場（夢の広場など）や各所に設置された木陰のベンチで自由に食事をとることができます。
レジャーシートを広げてピクニック気分を味わえるほか、雨天時や猛暑日には館内の指定開放スペース（セミナールーム等、開放状況は日によって異なる）を利用できる配慮もなされています。お弁当持参で訪れることで、ランチ待ちのストレスから完全に解放され、自由なスケジュールで展示鑑賞と野外散策を両立できます。
