車でアクセスする際に最も注意したいのが駐車場事情です。東横イン松本駅前本町の敷地内には立体駐車場が完備されており、駐車料金は1泊あたり1,000円前後（先着順・予約不可）で利用できます。ただし、ハイルーフ車や大型車の収容可能台数には限りがあり、観光シーズンやビジネスのピーク日には夕方前の早い段階で満車になるケースが珍しくありません。
敷地内および契約提携駐車場が満車だった場合でも、慌てる必要はありません。本町・中央エリアの裏手には、夜間最大料金（例：20:00〜翌8:00で600円〜800円程度）が設定されているコインパーキングが点在しています。
車高制限のあるミニバンやSUVに乗っている方は、チェックイン直前にホテルへ電話して空き状況を確認するか、あらかじめ近隣の24時間最大料金設定のあるフラットな平面駐車場をリストアップしておくのが賢い防衛策です。
