震災による解体後、広大な跡地は民間に払い下げられ、ダンスホールや劇場、映画館などを経て、戦後は長年パチンコ店として営業を続けていました。そのため、長らく「浅草十二階の痕跡は完全に失われた」と信じられてきました。
しかし、2018（平成30）年2月、劇的な転機が訪れます。パチンコ店の建て替え工事に伴う試掘調査において、地中深くから凌雲閣の強固な基礎赤レンガや、建物を支えていた大量の松材の杭（松杭）が姿を現したのです。台東区教育委員会や専門家による緊急調査が行われ、バルトンが施したとされる八角形の基礎配列が100年以上の時を超えて確認されました。
2026年現在、現地（東京都台東区浅草2丁目14）は新たな商業ビル（パチンコ店等）が立ち並んでいますが、敷地の一角には歴史を後世に伝える凌雲閣跡 モニュメント（解説案内板・記念レリーフ）が整備されています。かつてここに日本初の高塔がそびえ、大衆の歓声が響いていたことを静かに物語るスポットとして、歴史散策を楽しむ観光客の重要なランドマークとなっています。
