作中最大のクライマックスを引き起こしたのが、アルトマーレに伝わる「防衛システム（DMA）」の起動と暴走です。妹のリオンは、博物館に安置されていた秘宝「こころのしずく」を強奪し、捕獲したラティオスの力を利用して封印されていた古代の防衛装置を作動させます。
強大な力を手に入れたリオンは「この街だけでなく、世界中を私の思い通りにしてやる」と野望を剥き出しにし、街を水没から守ってきた結界を操作。プテラやカブトプスといった古代ポケモンの化石を蘇らせて街中を混乱に陥れました。
暴走する妹に対し、宝石さえ手に入れば満足だった姉のザンナーは「もうやめなさい！」と制止を試みますが、システムに取り込まれたリオンの耳には届きません。結果として「こころのしずく」は黒く濁って砕け散り、システムは制御不能に陥ってアルトマーレ全土を飲み込む巨大な大津波を引き起こすことになります。
