厚木清南高校の最大の強みは、自分自身の生活リズムに合わせて学べるフレキシブルな制度設計にあります。教育課程は主に「三部制（定時制）」と「通信制」の2本柱で構成されています。
三部制総合学科では、登校時間帯が異なる3つの時間割が用意されています。
- 午前部（1部）：朝からの生活リズムを崩さずに全日制に近い感覚で学びたい生徒向け
- 午後部（2部）：朝起きるのが苦手な生徒や、午前の時間を有効活用したい生徒向け
- 夜間部（3部）：昼間にアルバイトや仕事、趣味の活動を両立させたい生徒向け
通常は4年間かけて卒業を目指す設計ですが、他部の授業を履修する「部間併修」や通信制講座を組み合わせる「定通併修」を活用することで、全日制と同様に3年間での卒業が可能です。
自学自習とスクーリング（面接指導）を中心とする通信制普通科も併設されており、体調管理に不安がある方や、自分の特技・仕事に専念したい方でも高校卒業資格を確実に目指せる環境が整えられています。
