公式にはいつでも構わないとされているものの、目的別に身体のバイオリズムを考慮すると、朝と夜で得られるメリットの体感には明確な違いが現れます。
まず、ヤクルト1000の機能性表示である「睡眠の質向上」や「一時的な精神的ストレス緩和」をダイレクトに実感したい人たちの間では、夜（夕食後〜就寝の1〜2時間前）に飲むスタイルが支持を集めています。腸と脳は「腸脳相関」と呼ばれる神経ネットワークで密接につながっており、夜間に腸内環境を整えることで副交感神経が優位になり、入眠時のリラックスをサポートしやすいと考えられているためです。
一方、起床後や朝食時に飲むメリットは、腸の蠕動（ぜんどう）運動を刺激し、1日のスタートと共にお通じのリズムを整えやすい点にあります。朝のルーティンに組み込むことで飲み忘れを防ぎやすいという実用面での利点も大きく、日中の活動を軽快に過ごしたい方に選ばれています。
