世界的な学術界において、沖縄科学技術大学院大学（OIST）の名を一躍知らしめた決定的な契機が、英科学誌『Nature』が発表する「Nature Index（高品質な論文の割合を測定する正規化ランキング）」です。同ランキングにおいて、OISTは世界の並み居る名門校を抑えて世界トップ10（世界9位）にランクインし、日本国内では東京大学や京都大学を抑えて国内首位を獲得するという快挙を成し遂げました。
沖縄科学技術大学院大学がすごい理由の根幹は、従来の日本の国立大学が抱えてきた「講座制」や「縦割り構造」を徹底的に排除した組織設計にあります。OISTには物理学部や生物学部といった従来の学部・学科の仕切りが存在せず、「5年一貫制の博士課程（単一研究科）」のみで構成されています。物理学、化学、神経科学、計算科学、海洋環境学などのトップ研究者が同じキャンパスで日常的に交わり、分野横断型のイノベーションを生み出す体制が整えられているのです。
さらに、教員と学生の約8割以上を海外出身者が占めており、学内の公用語は100%英語です。世界中から選び抜かれた卓越した頭脳が集結し、潤沢な政府資金（内閣府主導の特別交付金）を背景にした最新鋭の設備を24時間体制で共有できるシステムが、圧倒的な論文の質の高さを支えています。
