日本地震学会をはじめとする地球物理学者や大学の研究者たちは、村井氏の手法に対して極めて厳しい姿勢を崩していません。専門家が「科学的根拠に乏しい」と断じる主な理由は次の通りです。
第一に、「電子基準点のノイズ誤認」の問題です。GPSアンテナは、上空の電離層や大気中の水蒸気量、周辺の樹木の成長、アンテナ自体の交換や保守作業によって、地殻変動とは無関係な数十ミリ単位の誤差（偽の変動）を記録することがあります。地球科学の専門家は「村井氏が異常変動と呼んでいるデータの多くは、単なる観測ノイズや季節変動を拾っているに過ぎない」と指摘します。
第二に、地表の短期的な上下動と、地下深部の震源断層で発生する破壊現象との因果関係が物理学的に証明されていない点です。査読付きの国際的な学術誌に統計的に有意な論文がほとんど掲載されていないことも、主流派アカデミアから「オカルト的である」と批判される大きな要因となっています。
