急性期の治療を終えても麻痺や失語症などの症状が残る場合、リハビリ専門の「回復期リハビリテーション病棟」へ転院します。この病棟にいられる期間には医療保険上の厳格なルールが存在し、脳血管疾患の場合は最大150日（高次脳機能障害を伴う重症例は最大180日）が入院上限日数と定められています。
医学界において、脳の神経ネットワークが再構築されやすい期間は「発症後3ヶ月〜6ヶ月」とされており、これが実質的な機能回復のゴールデンタイム（タイムリミット）と呼ばれます。回復期病棟では、土日祝日を含めて1日最大3時間（9単位）のマンツーマンリハビリが提供され、歩行能力や着替え・食事といった日常生活動作（ADL）の徹底的な再獲得を目指します。
患者の回復スピードや目標とする生活レベルによって実際の入院日数は異なり、平均的には2ヶ月〜3ヶ月程度で在宅復帰の目処を立てるケースが主流です。
