野球部に勝るとも劣らない存在感を放っているのが、男子陸上競技部の中長距離部門です。毎年師走の京都・都大路を駆ける全国高校駅伝（都大路）において、滋賀県代表の座を幾度となく射止め、滋賀県高校駅伝史において欠かせない強豪校としての地位を確立しています。
滋賀学園高校の陸上部がこれほどの強さを誇る要因は、標高や気候に恵まれた東近江のトレーニング環境と、国内外から集まる高いポテンシャルを持ったランナーたちの相乗効果にあります。かつてケニアからの留学生ランナーを受け入れ、圧倒的な走力で全国区の記録を叩き出した時期もありましたが、現在の指導方針は「個の走力をチームの総合タイムへ昇華させる」日本人生徒の育成にも主眼が置かれています。
陸上界関係者の証言によると、「滋賀学園の練習メニューは単なる走り込みではなく、バイオメカニクスに基づいたフォーム改善や乳酸閾値を意識したインターバルトレーニングが徹底されている」とのこと。高校卒業後も東洋大、青山学院大、駒澤大、立命館大など箱根駅伝や全日本大学駅伝の常連校へ進むランナーを毎年のように輩出しています。
