中学校生活の総決算となる「進学実績と進路状況」についても、堅実な推移が見られます。近隣の学習塾関係者への取材によると、第二南砂中学校の進路指導は「生徒の学力適性と内申点を綿密に分析した現実的かつ挑戦的なサポート」に定評があります。
近年の進学先としては、都立高校では日比谷・戸山といったトップ進学校への挑戦者を輩出しつつ、城東・深川・墨田川・東高校など、江東・墨田エリアに位置する伝統校・中堅実力校へ手堅く合格者を送り出しています。また私立高校に関しても、大学系列の附属校や特進コースを設置する私立共学校への単願・併願推薦を勝ち取る生徒が一定数存在します。
校内では、放課後学習相談や定期テスト前の補習など、基礎学力の定着を図る取り組みが継続的に行われています。一方で、上位校を目指す層の多くは南砂町駅や東陽町駅周辺の大手集団塾・個別指導塾を併用しており、学校での規律ある生活と外部機関での応用力養成を両立させる学習スタイルが定着しています。
