再接合手術が成功して組織が生着した場合でも、完全な機能回復には多くのハードルが存在します。主な後遺症として、知覚麻痺、排尿障害（尿道狭窄など）、勃起不全（ED）が挙げられます。神経の再生には月単位の時間を要し、リハビリや薬物療法を組み合わせた長期的な治療が不可欠です。
切断部位の紛失や組織の著しい損傷により再接合が叶わなかった場合には、陰茎再建手術（ファロプラスティ）が選択肢となります。前腕の皮膚・血管・神経を採取して移植する「遊離前腕皮弁術」や、大腿部・広背筋を用いた再建術が行われます。最新の医療技術により、外観の形成や立位排尿の機能回復において顕著な進歩が見られますが、高度な技術と複数回の手術を必要とします。
