車内でどう過ごすかによって、選ぶべきシート位置は明確に分かれる。車窓からの富士山を眺めながらリフレッシュしたいなら、2列シートの「E席」（普通車）が鉄則だ。逆に、出張帰りに誰にも邪魔されず仮眠を取りたい、あるいは通路への出入りを最優先したい場合は、3列シートの通路側である「C席」が意外なほど快適である。
また、車両の最前列や最後列の座席は、足元のスペースが広かったり特大荷物スペースが付帯していたりと独自のメリットを持つ。ただし、乗客の出入りによるドアの開閉音や冷気の流入を避けたいのであれば、車両中央寄りの席（7番〜12番あたり）を指定するのがプロの定石。自分の目的に合わせたシートマップの指定買いこそが、長距離移動の疲労を最小限に抑える。
