GLHS指定校として探究型学習に力を注ぐ四條畷高校は、進路実績においても際立った数字を残しています。中でも京都大学への二桁合格や大阪大学・神戸大学への大量合格は同校の看板であり、京阪神の難関国公立大学を目指す生徒にとって最適な教育環境が整っています。
国公立大学全体への現役合格率は例年50%を大きく超え、大阪公立大学をはじめとする近隣の国公立大へも多数が進学。私立大学においても、同志社大学や立命館大学、関西学院大学、関西大学といった関関同立への合格者数は毎年数百人規模に達します。早稲田大学や慶應義塾大学など首都圏最難関私立大へ挑戦する生徒も少なくありません。
特筆すべきは、国公立大学の医学部医学科や薬学部など、医療系最難関学部への現役合格者を継続して出している点です。教員による手厚い添削指導や放課後の進路講習、卒業生チューターによる学習サポートなど、塾や予備校に頼り切らない学校完結型の指導体制が進学実績を支えています。