利用者を最も驚かせ、信じ込ませる決定打となっているのが「お湯の劇的な劇的変色」です。透明だった湯水が、10分、20分と経過するにつれて黄色から茶褐色へと変化し、時には黒い粒状の浮遊物や油膜のようなものが現れます。このゴッドクリーナー変色の理由について、器具のメカニズムを化学的に分解してみましょう。
装置に塩を入れるのは、純水に近い水道水に導電性を持たせるためです。電気を流すと、陽極（アノード）と陰極（カソード）で次のような電気分解反応が即座に始まります。
陽極に使われている金属プレート（通常は鉄やステンレス合金）からは、電流によって鉄イオン（Fe²⁺やFe³⁺）が水中に継続的に溶け出します。溶出した鉄イオンは水中の水酸化物イオン（OH⁻）と反応し、水酸化鉄（II）や水酸化鉄（III）を形成します。これらは水に溶けにくく、酸化が進むにつれて黄色から赤褐色、濃い茶褐色の沈殿物へと瞬時に姿を変えます。要するに、水が茶色くなる正体は、電極が電気分解によって強制的に腐食（酸化）した「金属のサビ」そのものです。
現場実験や消費者テストで周知のとおり、「足を一切入れずに機械を作動させた場合」でも、まったく同じように水は茶褐色に濁り、沈殿物が発生します。黒い粒子状の塊は酸化鉄の凝集物であり、水面に浮く細かな泡は水の電気分解によって発生した水素ガスや酸素ガスです。
「人の足を入れたほうが色が濃くなる」「人によって黒っぽかったり緑っぽかったり色が違う」という反論もしばしば提示されます。これについても、足裏に付着している皮脂、角質、石鹸の洗い残し、足裏の雑菌、および皮膚常在菌が分泌する酸性皮脂膜が水のpHや電球の導電率を微妙に変化させることで、サビの凝集状態や色調が変化する現象として過不足なく説明が可能です。体内の毒素が直接抽出されて色が変わっているわけではないという点は、冷静に押さえておくべき科学的事実です。
