私立中高一貫校を選ぶにあたり、学費負担は保護者にとって最大の関心事の一つです。智辯学園の学費体系は、近畿圏の私立進学校の標準的な水準に収まっています。
初年度納付金（入学金、授業料、施設設備費等）の総額は約95万円〜110万円前後。2年次以降の年間学費は約70万円〜80万円程度となります。寮生活を選択する場合は別途寮費（食費・光熱費込みで月額約8万〜10万円前後）が必要となりますが、学校側による手厚い夜間学習指導や補習体制を考慮すると、「高額な外部予備校代を抑えられる分、トータルの費用対効果は非常に高い」と評価する保護者が少なくありません。
また、成績優秀者を対象とした特待生制度や各種奨学金制度も整備されており、意欲と学力のある生徒を経済面からサポートする受け皿が整っています。
