経済的なコストパフォーマンスの高さも、国立高専ならではの特筆すべきポイントです。弓削商船高専の学費は国立学校基準で統一されており、私立高校や私立大学と比較して家計負担が極めて抑えられています。
- 入学金：84,600円
- 年間授業料：234,600円（半期ごとに117,300円納付）
本科1〜3年生の期間は国による「高等学校等就学支援金制度」の対象となり、世帯年収基準を満たせば授業料が実質的に全額または一部免除されます。また、4〜5年生および専攻科生についても「高等教育の修学支援新制度（授業料等減免＋給付型奨学金）」が適用されるため、経済的理由で進学を断念することのない支援体制が整備されています。
さらに、独立行政法人国立高等専門学校機構が実施する独自の授業料免除制度や各種財団による奨学金制度も充実。商船学科の大型練習船実習や寮生活にかかる諸経費（食費・光熱水費等を含めて月額数万円程度）を勘案しても、5年間の総費用は私立高校から私立理系大学へ進学するルートの数分の一に収まります。費用対効果の観点において、国内最高水準の教育機関の一つと言えます。
