事件が表面化したのは、普段と変わりない放課後の時間帯だった。京都府京都市内の通学路付近で、児童の足取りがぷつりと途絶えた。失踪直前の目撃情報によると、一人で歩く姿が最後に確認されて以降、足取りは完全に途絶えている。
通報を受けた京都府警察は直ちに現地に捜査本部を設置。周辺の防犯カメラ映像を徹底的に洗い出すとともに、周辺の山林や河川敷に及ぶ広範囲な捜査活動を展開した。やがて、早期の身元特定と安全確保を目的に公開捜査へと踏み切ることとなる。行方不明小学生の顔写真や当時の服装が公表されると、地元住民だけでなく全国から情報が寄せられ始めた。
