鹿児島市電を利用するうえで、最もトラブルや勘違いが多発しているのが「系統間の乗換割引ルール」と「敬老パスの運用実態」です。
鹿児島市電には「1系統（鹿児島駅前〜谷山）」と「2系統（鹿児島駅前〜鹿児島中央駅前〜郡元）」の2本の路線があります。直通運行していない電停間を移動する場合、「高見馬場」または「郡元」の指定電停で乗り換えを行うことで、2重に基本運賃を払うことなく、1回分の運賃（大人200円）で目的地まで到達できる乗換割引制度が存在します。
しかし、この制度には厳格な手順が存在します。現金で支払う場合、1回目の降車時に運賃箱へ200円を支払うと同時に、運転士へ「乗り換えます」と明確に申告して『電車乗換券』を受け取らなければなりません。何も言わずに降りてしまったり、乗換電停以外の停留所で下車した場合、後から乗換券を発行してもらうことは一切不可能です。2本目の電車を降りる際には、運賃箱にその乗換券だけを投入することで追加料金なしで下車できます。
一方、ICカード（Rapica）やクレジットカードのタッチ決済で乗車している場合は、システムによる自動処理が適用されます。指定電停で下車してから一定時間内（原則60分以内）に接続する対象系統の電車へタッチして乗り換えれば、2回目の降車時には自動的に運賃が0円として処理されます。ただし、同一系統（1系統から1系統など）への乗り継ぎや逆戻り方向への乗車には適用されないため、電停での行先確認は欠かせません。
また、ネット上やシニア層の間で度々議論の的となるのが「鹿児島市敬老パス（友愛パス・敬老特別乗車証など）の割引の真相」です。一部のSNSやネット掲示板では「高齢者は誰でも無料で乗り放題」という誤った言説が散見されますが、これは明白な事実誤認です。
鹿児島市が交付する敬老パスは、市内に住民票を持つ一定年齢以上の高齢者を対象とした福祉事業であり、乗車ごとに一定割合（自己負担額）の支払いが義務付けられています。近年の市の財政見直しや運賃改定の波を受け、行政側からの助成上限や利用者側の負担割合については厳密な見直しが重ねられてきました。市外から訪れた観光客の高齢者が自身の身分証明書や他都市のシルバーパスを提示しても一切の割引は受けられず、通常の大人運賃（200円）が必要となる点も、現場でしばしば見受けられる勘違いの一つです。
