ネット上の掲示板やSNSでは、定期的に「目頭切開をしたのではないか」「鼻にプロテーゼを入れたのではないか」といった整形疑惑が取り沙汰されてきました。特に目元がくっきりとした平行二重に見える時期や、鼻筋がすっきりと通って見える写真が公開されるたびに、真偽をめぐる激しい論争が巻き起こっています。
この疑惑に対し、美容業界の専門家や取材現場の見立ては極めて冷静です。指原氏の目元については、デビュー初期から幅の狭い奥二重〜末広二重の構造を持っており、日々のアイプチや二重テープによる癖付け、あるいはまつげパーマによるまぶたの引き上げ効果、さらにはアイラインの引き方（目頭切開ライン）によって見え方が劇的に変わる範囲内であると指摘されています。鼻筋に関しても、後述するハイライトとシェーディングの緻密な仕込みによって、立体感が大きく底上げされています。
注目すべきは、指原氏自身が美容医療に対して極めてオープンな姿勢を取っている点です。過去のテレビ番組や自身のSNSにおいて、肌管理のためのピコレーザーやダーマペン、フェイスラインを引き締めるハイフ（HIFU）、表情筋の動きをコントロールするボトックスなどの施術を受けたことを隠すことなく語っています。不可逆的な大規模外科手術について明言した事実はないものの、「綺麗になるための自己投資」を包み隠さずシェアする姿勢が、疑惑をネガティブなスキャンダルに終わらせず、現代の読者から「信頼できるリアルな発信」として受け入れられる要因となっています。
