初宮参り、七五三、厄除け、交通安全などで御祈祷を予定している参拝者には、特別な配慮が用意されています。
筑波山神社の祈祷駐車場は、社務所で祈祷の受付を済ませた参拝者に対して駐車料金が全額免除（無料）となる運用が行われています。入庫時に駐車券を受け取り、御祈祷の申し込み時に窓口で提示することで無料出庫の認証スタンプまたはサービス券が交付される仕組みです。
祈祷駐車場のスペースは拝殿至近に確保されているため、正装した家族連れでも砂利道や長い石段を延々と歩く心配がありません。繁忙期であっても祈祷対象車専用の優先枠が設けられるケースがあるため、警備員に「御祈祷での来社」である旨を明確に伝えることがスムーズな案内の鍵となります。
