長崎みなとメディカルセンターは長崎市新地町に位置し、長崎電気軌道（路面電車）の「メディカルセンター電停」の目の前という抜群の交通アクセスを誇ります。長崎新地バスターミナルからも徒歩圏内であり、公共交通機関での通院が極めて容易な立地です。
自家用車で来院する場合、敷地内の立体駐車場を利用することになりますが、駐車場料金の割引システムを正しく把握しておく必要があります。
一般利用の場合、30分ごとに通常料金が加算されますが、外来受診者は会計窓口または総合案内で駐車券を提示し割引認証を受けることで、最初の数時間が無料または格安料金（例：100円〜200円程度）に減免されます。診察券や当日の領収書を持参し、精算機に通す前に認証印をもらう作業を忘れると一般料金がそのまま請求されてしまうため、車内に駐車券を置き忘れないよう細心の注意を払ってください。
