新入生や学外の人が最も混乱するのが、「鶴甲第1（つるかぶとだいいち）」と「鶴甲第2（つるかぶとだいに）」の役割分担と位置関係です。両キャンパスは名称こそ似ていますが、設置されている学部・研究科も、立地する標高も大きく異なります。
鶴甲第1キャンパスのキャンパスマップを俯瞰すると、敷地中央にそびえる巨大な「全学共通教育棟（A棟〜G棟）」が圧倒的な存在感を放っています。神戸大学の11学部（文学部・国際人間科学部・法学部・経済学部・経営学部・理学部・医学部・工学部・農学部・海洋政策科学部）に所属するすべての1年生は、専門課程に進む前の教養科目や外国語科目をここで履修します。また、神戸大学国際人間科学部の2学科のうち、「グローバル文化学科」の教員研究室および専門教育棟、大学院国際文化学研究科の拠点もこの鶴甲第1に配置されています。
これに対し、鶴甲第2キャンパスとの違いは明確です。鶴甲第2は、かつての発達科学部を母体とし、現在は国際人間科学部の残り3学科（発達コミュニティ学科・環境共生学科・子ども教育学科）および大学院人間発達環境学研究科が使用しています。第1キャンパスよりもさらに東側、標高にしてやや異なる尾根筋に位置しており、両キャンパスの間には深い谷と高低差が存在します。
問題となるのは、履修登録で「2限が鶴甲第1キャンパス、3限が鶴甲第2（あるいは六甲台本館）」といったスケジュールを組んでしまったケースです。昼休みの短いインターバル（通常50分間）の間に、学生たちは急な石段や連絡通路を駆け下り、再び登り返すという「大移動」を強いられます。学内連絡バスも運行されていますが定員に限りがあるため、キャンパス間の移動を伴う履修登録には細心の注意を払わなければなりません。
