手軽で美味しいからといって、無制限に食べていいわけではない。銀杏には「4'-O-メチルピリドキシン（通称ギンコトキシン）」と呼ばれる神経毒性物質が含まれており、過剰摂取は厳禁だ。この成分は体内のビタミンB6の働きを阻害し、嘔吐やめまい、重症化するとけいれん発作を起こす「ギンコトキシン中毒」を引き起こすリスクがある。
厚生労働省や専門機関の注意喚起によると、解毒代謝能力が未発達な小児（特に5歳未満）には食べさせないことが強く推奨されている。大人であっても、1日あたりの摂取量は10粒〜15粒程度に抑えるのが安全だ。手軽に作れるからこそ、しっかり量をコントロールする自制心が欠かせない。
