須賀健太の知名度を一気に全国区へと押し上げたのが、2002年に放送されたフジテレビ系ドラマ『人にやさしく』です。香取慎吾、松岡充、加藤浩次という強烈な個性を持つ3人の青年と同居することになった男の子「明(あきら)」役を演じ、劇中の決め台詞「3ピース!」とともに社会現象を巻き起こしました。香取慎吾と須賀健太の共演によって生まれた疑似親子のような強い絆は、20年以上が経過した現在でもファンの間で深く愛され続けています。
続いて2005年に公開された映画『ALWAYS 三丁目の夕日』では、実の母親に捨てられ、吉岡秀隆演じる売れない小説家・茶川竜之介に引き取られる少年・古行淳之介役を熱演。昭和30年代の下町を舞台にしたノスタルジックな世界観の中で、孤独を抱えながらも健気に生きる淳之介の姿は多くの観客の涙を誘い、第29回日本アカデミー賞新人俳優賞を受賞しました。
さらに2006年の日本テレビ系ドラマ『喰いタン』では東山紀之扮する喰いしん坊探偵を慕う金田一役を好演し、同年公開の映画『花田少年史 幽霊と秘密のトンネル』では頭を丸刈りにして破天荒な主人公・花田一路を演じきるなど、子役時代の出演ドラマや映画において圧倒的な存在感を発揮し続けました。