旅行者や出張者が同線を利用するにあたり、押さえておきたいのが運行形態とチケットの選び方です。
道南いさりび鉄道の路線図は、北海道新幹線の停車駅である木古内駅から、函館市街の手前にある五稜郭までの全12駅（37.8km）で構成されています。ただし、旅客列車の運行上は全列車がJR函館本線に直通し、函館駅を起点・終点として発着しています。観光目的で利用する場合、函館駅から乗り換えなしでアクセスできる利便性を備えています。
乗車にあたって注意したいのが道南いさりび鉄道の運賃体系です。木古内〜五稜郭間の片道運賃は1,010円ですが、JR函館駅まで乗り通すと五稜郭〜函館間のJR初乗り運賃（250円）が加算され、合計1,260円となります。短距離の移動では気にならないものの、木古内まで往復すると2,500円を超えてしまいます。
そこで強く推奨したいのが、道南いさりび鉄道の1日乗車券（いさりび1日きっぷ）の利用です。大人用が1,000円前後（販売形態により紙版・デジタル版あり）で購入でき、全線が1日乗り降り自由になります。函館〜木古内間を片道乗り通すだけでもほぼ元が取れ、途中の茂辺地駅や上磯駅で途中下車しながら海沿いの景色を楽しむ旅には不可欠なアイテムです。
また、道南いさりび鉄道の時刻表を確認する際は、列車本数の時間帯格差に注意が必要です。函館〜上磯間は通勤・通学需要があるため日中も毎時1本程度確保されていますが、上磯〜木古内間は閑散時間帯になると2〜3時間ほど運転間隔が開くことがあります。木古内駅で北海道新幹線や木古内町発の路線バスと接続する場合は、事前に接続時刻を綿密に確認しておくことが失敗を防ぐ鉄則です。
