物語の根底を貫く最大の謎であり、視聴者に衝撃を与えたのが暗殺教室 殺せんせーの正体です。月を爆破し地球を滅ぼそうとする人外の化け物と見なされていた彼は、元は名もなきスラム街出身の人間の男性であり、裏社会で「死神」の異名をとった世界最高峰の暗殺者でした。
弟子に裏切られて捕獲された彼は、柳沢誇太郎の研究施設に収容され、反物質エンジンの人体生体実験の被験者にされます。そこで出会ったのが、研究室の監視員を務めていた薄給の理科教師・雪村あぐりでした。周囲から道具としてしか扱われなかった暗殺者と、不器用ながら生徒への愛に満ちたあぐり。二人の交流は、冷酷な暗殺者の心に「誰かを見守り、育てることの尊さ」を芽生えさせます。
しかし、悲劇は突如訪れます。反物質細胞の暴走によって地球ごと爆発するリスクを恐れた柳沢が研究体の破棄を決定した際、暴走した施設の中で、あぐりは殺せんせーを庇って致命傷を負います。死の間際、彼女が遺した「あの子たちを……3年E組を教えてあげてほしい」という最期の願い。それこそが、超常の力を得た彼が満面の笑みをたたえた黄色いタコ型生物へと姿を変え、椚ヶ丘中学校の落ちこぼれクラスへ赴いた原点でした。
そして迎える暗殺教室 結末の真相。なぜ彼は、生徒たちの手によって暗殺されなければならなかったのか。この暗殺教室 最終回 理由には、物理的宿命と精神的契約の二重の真実が存在します。
第一に、彼の体内の反物質細胞が爆発を起こし地球を消滅させる確率は、生徒たちが懸命に手に入れた研究データによって「1％未満」まで抑制可能であることが判明していました。しかし、国家首脳部はリスクを恐れ、衛星兵器「天の矛」と地上からの「地の盾」による包囲網で彼を確実に抹殺する決定を下します。外部の冷酷な暴力によって愛する教師が消されるくらいなら、自分たちが1年間学んできたすべてをぶつけ、感謝を込めて命を奪うことこそが、師弟の真の卒業式であるとE組一同は決断しました。
出席番号順に名前を呼び上げる点呼、全員が殺せんせーの触手を抑え込む中で、ナイフを握る暗殺教室 潮田渚の震える手。殺せんせーがネクタイ越しに心臓を差し出し、「さようなら、殺せんせー」の言葉とともに刃が沈んだ瞬間、黄色い粒子となって夜空に溶けていった最期は、アニメ史に刻まれる至高のカタルシスとなりました。
