騒動が収束に向かう中で、メディア自体のあり方も強く問われることとなった。NHKスペシャルをはじめとするドキュメンタリー番組は、過激な密着取材と断罪的なトーンで社会的な世論を形作った。これに対し、小保方氏自身が著書『あの日』で語った手記は、メディアによって提示された像とは異なる独自の視点を提示し、世間に強い衝撃を与えた。
科学ジャーナリズムの本来の役割は、専門的な知見を正しく噛み砕き、批判的かつ客観的な検証を行うことにある。しかし、STAP細胞をめぐる一連の報道では、エンターテインメント性と正義感の暴走が目立った。事態をセンセーショナルに消費する報道姿勢は、科学の健全な議論を阻害し、結果として科学技術に対する国民の信頼を損なう一因となったことは否めない。
