自然の川をフィールドにする以上、最も気になるのが安全性です。長瀞エリアでは過去に増水時の事故などが報じられた経緯もあり、各催行会社には極めて厳格な安全基準が求められています。アウトドアセンター長瀞では、長瀞ラフティング業者組合の安全協定に準拠し、徹底した長瀞ラフティングの安全対策とガイドトレーニングを毎年実施しています。公認資格を持つ経験豊富なトリップリーダーが同行し、運行前には入念なセーフティトーク（安全講習）が行われるため、重大な事故歴を起こすことなく高い安全運行実績を積み重ねています。
家族連れにとっての関心事である長瀞ラフティングの子供は何歳から参加可能かという点については、通常コースで「小学1年生以上（身長110cm以上）」が基本条件です。ただし、夏季限定で開催されるファミリー向けの穏やかなショートコースでは、4歳や5歳の未就学児を受け入れている場合もあります。子供用ライフジャケットやヘルメットも身体のサイズに合った専用装備が用意されます。
雨天時の対応については、ラフティングは基本的に雨天決行のアクティビティです。ただし、上流のダム放水量増加や豪雨による河川の増水、台風接近などによって規定の水位を超えた場合は、長瀞ラフティングの雨天中止基準に基づきツアーが中止となります。規定の水位オーバーや警報発令時は安全を最優先に事前連絡が入る仕組みが整っています。
