素鵞神社を訪れる際、絶対に見逃せないのが兼務社である「百里神社」の御朱印です。百里神社は、航空自衛隊百里基地のすぐ近くに鎮座し、航空安全の守護神として全国のパイロットや航空ファンから熱烈な崇敬を集めている神社です。しかし、百里神社自体には神職が常駐していないため、その御朱印や御守は本務社である素鵞神社の社務所で一括して頒布されています。
百里神社の御朱印には、青空を飛翔する戦闘機のシルエットや、翼をモチーフにした躍動感あふれる社紋が押印されており、自衛隊ファンのみならず御朱印巡りのハイライトとして絶大な人気を誇ります。素鵞神社の瑞猫御朱印と百里神社の戦闘機御朱印を同時に拝受できる点は、他社にはない極めて稀有な魅力です。
さらに、夏の風物詩である「例大祭（小川祇園祭）」の期間には、特別な例大祭限定御朱印が頒布されます。素鵞神社の祇園祭は、勇壮な山車や神輿が街を練り歩く数百年以上の歴史を持つ伝統神事です。この時期限定の御朱印には、神輿や祭りの熱気を写し取った金泥・銀泥の特別な印や特別な紙が用いられ、毎年これを目当てに県外からも大勢の参拝者が詰めかけます。
