スモールワールズ東京のコアとなる展示群の中でも、特に来場者の滞在時間が長く、熱狂的な支持を集めているのが以下の3大看板エリアです。
第一に、ファン垂涎の完成度を誇るスモールワールズ東京 エヴァンゲリオン エリアです。ここでは「第3新東京市」と「NERV本部格納庫」の2つの世界が精緻に再現されています。格納庫ではエヴァンゲリオン初号機、零号機、2号機が射出シークエンスの音声アナウンスとともに実際に発進位置へとリフトアップされる機構を備えており、メカニックの油圧シリンダーや配線1本に至るまで公式監修のもと作り込まれています。さらに第3新東京市では、使徒襲来の警報とともに高層ビル群が地中へと格納される圧巻の変形ギミックを目の当たりにできます。
第二に、世代を超えて愛されるスモールワールズ東京 セーラームーンエリアです。作者の武内直子氏公認のもと、1990年代のレトロで温かみのある「麻布十番」の街並みと、30世紀の未来都市「クリスタル・トーキョー」が対照的に展開されています。麻布十番のエリアでは、主人公の月野うさぎや仲間たちが日常を過ごす様子が小さなスケールで隠されており、街角の看板や住宅の洗濯物まで当時の空気感が緻密に封じ込められています。
第三に、航空ファンや機械好きを唸らせるスモールワールズ東京 関西国際空港 エリアです。広大な誘導路と滑走路を忠実に再現し、航空機がリアルなジェットエンジン音とともにテイクオフおよびタキシングを行う様子が自動制御で再現されています。空港ターミナル内の搭乗ロビーや手荷物受取所、さらにはラウンジでくつろぐ乗客一人ひとりのポーズまで造形されており、飛行機が離着陸を繰り返すサイクルを眺めているだけで時間を忘れて没入できます。
