オープン型MRIには計り知れない受診のしやすさがある反面、画像診断の専門医が指摘する構造的なデメリットと技術的制約が存在します。受診前に把握しておくべき主な理由は以下の3点です。
第一に、微細な血管病変や早期微小がんの描出限界です。頭部領域における脳梗塞の疑いや脳動脈瘤のスクリーニング、整形外科領域の椎間板ヘルニアや靭帯損傷の診断には十分な性能を発揮しますが、数ミリ以下の微細な動脈瘤の精密評価や、腹部（肝臓・胆嚢・膵臓）の実質臓器における早期病変の鑑別では、3.0テスラなどの高磁場MRIに軍配が上がります。
第二に、呼吸や心拍による動き（モーションアーチファクト）の影響です。0.2〜0.4テスラの低磁場装置では1回の撮影に必要な時間が長くなるため、呼吸を止める息止め撮影が連続する腹部検査では、呼吸のズレによって画像が不鮮明になりやすい傾向があります。
第三に、特殊撮影プロトコルの制限です。造影剤を用いた特殊な血流動態解析（ダイナミックMRI）や、脳機能マッピング（fMRI）、詳細な組織性状解析（MRスペクトロスコピー）など、高度医療機関で行われる先進的診断には対応していない場合があります。
