JR札幌病院を受診する際、最も留意すべきなのが「初診時の手続き」と「外来予約の取り方」です。厚生労働省が推進する病院・診療所の機能分化方針に基づき、200床以上の地域医療支援病院などと同様に、同院でもかかりつけ医からの紹介状（診療情報提供書）を持参することが基本原則となっています。
紹介状を持たずに直接来院して初診を受けることも制度上は可能ですが、初診料とは別に非紹介患者初診加算料（選定療養費：医科7,700円前後・税込基準）が自己負担として発生します。経済的な負担を抑え、かつ適切な診療科へ最短でアクセスするためには、まず近隣のクリニックを受診し、JR札幌病院宛ての紹介状を作成してもらった上で「事前初診予約」を取るルートが最も確実です。
再診に関しては、担当医による次回予約システムが確立されているほか、急な体調変化による予約変更や問い合わせ窓口も整備されています。電話予約センターの受付時間（平日午後など）をあらかじめ把握しておくことで、余計なストレスなく受診計画を立てることが可能です。
