神村学園高等部には、生徒の適性と将来の目標に合わせた多彩な学科・コースが設置されています。それぞれの設置コースによって難易度や求められる学力基準は大きく異なります。
最も高い学力が求められるのが特別能力開発（文理）コースおよび看護学科です。大学進学を目指す文理コースの偏差値は52〜55前後、県内でも人気の高い看護学科は50前後となっています。一方、全国からトップアスリートが集う体育科（スポーツコース）や普通科総合キャリアコースの偏差値は40〜46程度で推移しており、学力だけでなく実技試験や面接、中学校での活動実績が重視されます。
近年の入試倍率に関しては、看護学科の推薦入試および専願入試で1.3〜1.6倍程度の競争率が見られる年があるものの、一般入試全体としては極端な高倍率で門前払いになるケースは稀です。ただし、スポーツ特待枠や看護学科の定員枠は早期に埋まる傾向があるため、推薦や専願での出願戦略が合格への鍵となります。
