ネット上の質問サイトや口コミ掲示板で時折トラブルの種となっているのが、メルキュールホテル横須賀の駐車場に関する運用と、環境方針に伴うアメニティの扱いです。ここには一般的なホテル選びで見落とされがちな盲点があります。
まず駐車場ですが、ホテル単体の敷地内ではなく、入居する複合施設「ベイスクエアよこすか」の公共地下駐車場を利用する形態をとっています。そのため、週末の昼間などは商業施設や劇場の利用者と重なり、混雑が発生するケースがあります。車両制限（車高2.1m以下など）が設定されているほか、宿泊者優待割引を適用させるためにはチェックイン時にフロントへ駐車券を忘れずに提示しなければなりません。出入庫の手続きや料金体系を誤認していると、思わぬタイムロスや出費につながるため注意が必要です。
もう一つの注意点がメルキュールホテル横須賀のアメニティ事情です。国際基準のサステナビリティを掲げるアコーグループでは、プラスチック廃棄物削減の取り組みを厳格に推進しています。そのため、かつてのように客室内に使い捨てのプラスチック製アメニティが過剰に配置されているわけではありません。歯ブラシやカミソリなどの必要な備品はフロント横のアメニティバーから必要な分だけピックアップする形式、あるいは一部アイテムの有料化や持参推奨へとシフトしています。これを「サービス低下」と早合点して低評価をつける利用客もいますが、グローバルスタンダードのエコポリシーに基づく運用であることを理解しておく必要があります。
また、客室からの眺望に関しても「海が見える部屋だと思っていたら街側だった」というミスマッチの口コミが見られます。客室は「ベイビュー（軍港・海側）」と「シティビュー（市街地・山側）」に分かれており、軍港の夜景や艦船の姿を確実に楽しみたい場合は、予約段階で「ベイビュー確約」のプランを選択することが鉄則です。
