胚移植予定日がどのように決まるのかは、治療周期の選択方法によって大きく二分されます。現在、日本の生殖医療現場で凍結融解胚移植を行う場合、大半を占めるのが「ホルモン補充周期（HRT周期）」と「自然排卵周期（修正自然周期含む）」の2つのアプローチです。
ホルモン補充周期を選択した場合、月経開始直後（1〜3日目）からエストロゲン（卵胞ホルモン）製剤の投与を開始し、卵胞の発育を抑えながら子宮内膜を育てます。移植日を決定する最初の関門となるのが、月経10〜14日目前後に行われる超音波検査と血液検査です。ここで確認されるのが「子宮内膜の厚さ」であり、多くのクリニックで8mm以上（最低でも7mm以上）が絶対的なクリア基準として設定されています。内膜の厚みが十分であり、超音波で木の葉状の3層構造（トリプルライン）が明瞭に確認された段階で、次のステップへと移行します。
決定打となるのが「黄体ホルモン補充の開始日とタイミング」です。内膜が仕上がったことを確認した後、プロゲステロン製剤（膣座薬や注射、内服薬）の投与をスタートさせます。この「黄体ホルモンの投与を開始した時間」を起点として、胚が子宮内膜に着床可能な状態になる時間帯、いわゆる「着床の窓（Window of Implantation：WOI）」が開くタイミングを精密に計算します。胚盤胞（受精後5〜6日目まで培養した胚）を移植する場合は、黄体ホルモン投与開始から約120時間前後（およそ5日目）が移植予定日として厳密に指定されます。
一方の自然排卵周期では、患者自身の卵胞成熟と自発的な排卵を利用します。超音波で卵胞が18〜20mm程度に育ち、血液中のエストラジオール（E2）濃度の上昇および黄体形成ホルモン（LH）の急上昇（LHサージ）を確認した上で、排卵日を推定します。排卵が確定した日を0日目とし、初期胚（受精後2〜3日目）であれば排卵から2〜3日後、胚盤胞であれば排卵から5日後が胚移植予定日に決定します。自然周期は薬剤の使用量が少なく身体への負担が軽い反面、排卵のタイミングが患者の体調やストレスで前後するため、移植予定日の確定が直前までずれ込む点が大きな特徴です。
