本作における最大の論点のひとつが、ペルソナ5 The Phantom X 原作との違いです。ナンバリング本編である『ペルソナ5（P5）』の舞台となった東京の街並みや、秀尽学園に酷似した高校生活の日常をベースにしつつも、本作は全く新しい登場人物たちによる「もう一つの欲望奪還の物語」が展開されます。
注目のP5X 主人公 声優を務めるのは、数々の名作で深みのある演技を披露してきた内山昂輝氏です。コードネーム「ワンダー」と呼ばれる主人公は、夜になると怪盗となり、フクロウの姿をした謎の相棒「ルフェル」（CV：野中藍）とともに人々の歪んだ欲望が集まる異世界「メメントス」や「パレス」へ潜入します。さらに、弓道部に所属する新井素羽（CV：会沢紗弥）をはじめとする同世代の仲間たちと「怪盗同盟」を結成します。
原作ファンを驚かせたのは、原作の主人公である「ジョーカー」（CV：福山潤）やモルガナ、高巻杏といった「心の怪盗団」のオリジナルメンバーたちが、認知の存在（怪盗アイドル）としてパーティに編入できる点です。さらに、海外版公式アカウント（@P5X_Official_JP）でも報じられたように、『ペルソナ3 リロード（P3R）』とのクロスオーバーイベントが過去イベントアーカイブとして常設化されるなど、アトラスIPの枠を超えた重層的なユニバース構築が図られています。
