かつてレクター博士の異常性に気づき、重傷を負いながらも彼を逮捕したウィル・グレアム。FBIを引退し家族と平穏に暮らしていた彼のもとに、満月の夜に一家を惨殺する凶悪犯「噛み付き魔」の捜査依頼が舞い込みます。捜査の糸口を掴むため、ウィルは収監中のレクターと再会しますが、レクターはウィルを翻弄しながら、文通を通じて接触してきた犯人ダラハイドにウィルの自宅住所を暗号で漏洩させます。
一方、ダラハイドは職場で出会ったリーバに惹かれ、内なる殺人衝動「レッド・ドラゴン」との葛藤に苦しみます。しかし、彼女が同僚の男性と一緒にいるところを目撃し、裏切られたと思い込んだダラハイドは暴走。リーバを自宅に監禁し、家に火を放って自らショットガンで命を絶ったかに見えました。
無事にリーバを救出したウィルでしたが、事件は終わっていませんでした。ダラハイドは他人の遺体を使って自身の偽装死を仕組んでおり、フロリダのウィルの自宅を急襲します。息詰まる死闘の末、妻モリーの機転と銃撃によってダラハイドは射殺され、ウィルは家族を守り抜くことに成功します。
そして物語は、映画史に残る鮮烈なラストシーンへと向かいます。監獄のレクターのもとへ所長のチルトンが訪れ、「FBIから若い女性捜査官が面会に来ている」と告げます。その女性こそが、後に『羊たちの沈黙』の主人公となるクラリス・スターリングであり、物語の円環が美しく閉じる鳥肌もののエンディングとなっています。
