体育館や会議室などの貸出施設を利用する場合、事前の利用予約が必要です。恩方市民センターの予約手続きは、市の共通インフラである「八王子市公共施設予約システム」を通じてオンラインで完結できます。
利用の流れとしては、まず事前に利用者登録（個人または団体登録）を行い、利用者番号とパスワードを取得します。登録完了後、インターネット経由でシステムのマイページにログインし、空き状況の確認や抽選申し込み、先着予約へと進みます。市内在住・在勤・在学者の団体は優先的に抽選へ参加できるスケジュールが組まれています。
気になる施設の使用料は、市民センターならではの非常にリーズナブルな価格設定となっています。利用時間帯は「午前（9:00〜12:00）」「午後（13:00〜17:00）」「夜間（17:30〜21:30）」の区分に分かれており、会議室なら数百円から、広さのある体育館でも手頃な料金で数時間利用可能です。冷暖房設備を利用する時期には規定の空調料金が加算されますが、民間のレンタルスペースと比較してもコストパフォーマンスは抜群です。
