ミルメークが全国津々浦々の学校で均一に採用されなかった背景には、文部科学省が定める学校給食摂取基準と、実際の学校給食事業の運営体制が関係している。国が示す給食の栄養基準は全国共通だが、それを満たすための食材調達や献立の決定権は、各市町村の教育委員会や各学校の栄養教諭に委ねられている。
公益財団法人全国学校給食振興会などを通じて普及が進む一方で、一部の地域では「糖分の摂り過ぎにつながる」「主食との食べ合わせ（和食とコーヒー牛乳）がそぐわない」といった理由から採択を見送る判断がなされた。国の一括指示ではなく、現場ごとの自主性を重んじる給食事業の仕組みこそが、結果としてミルメークの「地域格差」を強固なものにしたと言える。
