「会社で年末調整ができないと、税金面で大損してしまうのではないか」と危惧する声が少なくありません。結論から言えば、年末調整でも確定申告でも、最終的に納める税額や戻ってくる還付金の合計金額は1円たりとも変わりません。
ただし、「還付金が手元に戻る時期」と「自身で控除手続きを行う手間」の2点において明らかな差が出ます。
会社で年末調整が行われた場合、過納分の税額は「12月給与」または「翌年1月給与」の振込口座にダイレクトに加算されて還付されます。クリスマスやお正月を控えた出費がかさむ時期に手取りが増えるため、心理的な恩恵は非常に大きくなります。
一方、確定申告へ回った場合、還付金の受け取りは年明け以降です。2026年現在の税務実務では、1月中旬以降にマイナンバーカードとスマートフォンを使ってe-Taxで申告書を早期提出すれば、提出から約2週間〜3週間程度で指定の金融機関口座へ還付金が振り込まれます。紙の申告書を税務署へ郵送・持参した場合は還付まで1か月から1か月半を要するため、還付スピードにおいてはe-Taxの活用が不可欠です。
注意しなければならないのが、年末調整を受けられないからといって、入社時に渡される「給与所得者の扶養控除等申告書」の提出を放置する危険性です。この書類を出さないと、会社側は税法上「乙欄（おつらん）」という極めて高い源泉徴収税率を適用して給与天引きを行わなければならなくなります。翌年確定申告をすれば最終的に差額は精算されますが、当面の毎月の手取り給与が数万円単位で激減するため、書類の提出だけは入社初週に速やかに完了させなければなりません。
