旧天主堂の解体という痛ましい歴史の中で、絶望の淵に光を灯したのが被爆マリア像の発見でした。原爆投下時、正面祭壇の最上部に掲げられていたスペイン製の木彫り「無原罪の聖母像」（高さ約2メートル）は、猛烈な熱線と爆風で聖堂とともに粉砕され、消失したと考えられていました。
しかし、原爆投下から約2カ月が経過した1945年10月下旬、浦上出身のトラピスト修道士・野方タイマス神父が焦土と化した天主堂の瓦礫を掘り起こしていたところ、奇跡的に木彫りの頭部（高さ約26センチ）を発見しました。両眼のガラス球は熱線で溶け落ちて黒い空洞となり、右頬には黒ずんだ焦げ跡が残り、鼻梁も欠損していました。その痛々しい表情は、原爆の犠牲となった数万の命の苦悶を一身に引き受けたかのようであり、信徒たちに深い衝撃と慰めを与えました。
発見後、このマリア像は神父によって北海道の当別トラピスト修道院へと持ち帰られ、長年大切に保管されていましたが、被爆30年を迎えた1975年に長崎へ帰郷。現在は浦上天主堂の左奥にある「被爆マリア小堂」の祭壇に安置されています。バチカンで教皇ベネディクト16セによる祝福を受け、国連本部での核兵器不拡散条約（NPT）再検討会議に合わせて巡礼を行うなど、国境を越えて平和を訴える世界的イコンとなりました。2026年現在も小堂の穏やかな光の中で、訪れる人々に無言のメッセージを語りかけています。
また、天主堂を象徴するもう一つの遺物がアンジェラスの鐘です。天主堂にはかつて双塔にそれぞれ鐘が吊るされていましたが、原爆の爆風で双方とも地上へ吹き飛ばされました。北塔にあった重さ約800キログラムの「第2の鐘」は無傷のまま奇跡的に掘り出され、1945年のクリスマスの夜、廃墟となった浦上の谷に再び希望の鐘声を響かせました。永井隆博士の著書『長崎の鐘』の題材となったこの鐘は、現在も再建された天主堂の塔から、朝6時、正午、夕方6時の1日3回、澄んだ音色を街中に鳴り響かせています。
