物語のクライマックスにおける殺せんせー死亡その後の展開は、単なる感傷にとどまらないリアリズムと人間賛歌に満ちていました。政府が放った最終兵器「地之矛」と「天之矛」に追い詰められ、満身創痍となった殺せんせー。その胸にナイフを突き立てたのは、筆頭暗殺者として指名された潮田渚でした。涙の点呼を終えたクラス全員が恩師の体を押さえ、渚の手によってトドメが刺されるという、痛切極まりない別れが描かれました。
暗殺教室原作漫画最終話の結末では、卒業式当日に生徒たちを待ち受けていたマスコミの狂騒と、社会の冷徹な視線が容赦なく描写されます。しかし、彼らは殺せんせーが一人ひとりに残した分厚いアドバイスブック（卒業文集）を手に、決して前を向くことをやめませんでした。
世間を騒がせた「暗殺成功報酬300億円」の行方も、彼らの自立を象徴しています。生徒たちは大金に溺れることなく、税金や諸経費を差し引いた後、殺せんせーと過ごしたあの裏山と旧校舎を丸ごと買い取りました。残った資金は、自分たちの高校・大学の学費や、最低限の生活補填、そして一部は恵まれない人々への寄付へと回されています。自活できる基盤を整えつつも、自分たちの力で稼ぎ生きる覚悟を決めた生徒たちは、それぞれの道へと散っていきました。
